בתקופת שהותו של צה"ל ברצועת הביטחון בגבול לבנון היתה השייטת פעילה במיוחד במבצעי עומק בשטח לבנון. ב-5 בספטמבר 1997, פשטה שייטת 13 על הכפר אנצריה שבדרום לבנון, ובשעה שנעה לעבר יעדה, נתקלה במארב מטענים. באירוע שכונה "אסון השייטת" נהרגו אחד עשר לוחמי שייטת ורופא שצוות לפעולה, וארבעה לוחמים נוספים נפצעו. בעקבות האירוע הושבתה לזמן מה פעילות היחידה. כשנה לאחר האסון ביצעו ארגון החיזבאללה ומדינת ישראל עסקת חילופין, במהלכה הוחזרה גופת אחד הלוחמים שנהרגו, איתמר איליה, באסון תמורת עשרות עצורים והרוגים לבנונים (בהם גופתו של האדי נסראללה, בנו של מפקד החיזבאללה, השייח' חסן נסראללה).
חיזבאללה ידעו על המבצע המתוכנן, כיוון שיירט שידור תמונות של השטח ממזל"ט צה"לי. באוגוסט 2010 הציג נסראללה את תמונות המזל"ט הצה"לי וחיזק את הגרסה כי המחבלים שהו בשטח במארב מתוכנן.