עד כה התגלו חולים ב-38 ישובים בכל רחבי הארץ, הנגיף אינו מוגבל לאזור מסויים. קדחת הנילוס התגלתה ב- 5 חולים בהרצליה, 6 חולים בחדרה, ובאילת ובאזורים נוספים.